農芸化学とは生命現象の基礎的な理解から、それを人類の福祉や社会発展にまで応用的に活用することを目指した大きな学問体系です。これまでに日本の農芸化学者は農業・食料・医療・環境・経済を支える重要な研究成果を上げてきました。本学科（および本専攻）は、この農芸化学の精神を根幹に据えており、純粋な基礎研究でとどまらず、応用研究を通した実社会への成果還元を目指しています。

東京農業大学における農芸化学の発祥は古く、初代学長横井時敬の就任から間もなく設置された東京農業大学肥料分析講習部（後の農大・農芸化学講習部）にまで遡ります。1913年（大正2年）、日本の農芸化学の父である鈴木梅太郎博士が東京農業大学教授（兼農芸化学講習部長）に就任し、植物栄養論の講義を担当しました。また、これがきっかけで私大としては日本で初めてとなる本格的な農芸化学科の設立につながりました。

鈴木梅太郎博士のオリザニン及びビタミン類の天然抽出物・合成サンプル試料
東京農業大学「食と農」の博物館所蔵