「学校法人東京農業大学文書取扱規程」に基づき，総務課にて受付を行い処理する。本学の場合は多くは学長決裁であるが，契約行為や特に規程に定められたこと等については，学長決裁の後，法人本部へ回付し，理事長決裁を得る。

　公印は「学校法人東京農業大学公印規程」に基づき管理している。本学学長印や東京農業大学学長印については，総務課で管理している。

　重要書類は「学校法人東京農業大学文書取扱規程」に基づき，文書保存期間を規定し管理している。学籍簿については，紙ベースとデータベースとして学内サーバー内に保管している。

　防災の状況は各学校又はキャンパスごとに消防計画を作成し，所轄消防署へ届出を行っている。本学では，「世田谷キャンパス消防計画」を作成･運用している。

　　情報システムの安全対策として，学内の情報システムを利用する場合，利用者ID及びパスワードによる認証を行っている。また，利用者ID交付時に必要な情報教育を行い，受講した者のみ交付するしくみとしている。ネットワークにおいては，不正アクセス防止のためのファイヤーウォールの設置，コンピュータウイルス感染防止のためのウイルスゲートの設置及び通信の暗号化など総合的に実施している。