事務組織について整備している規程は以下のものがある。

• 学校法人東京農業大学理事長室規程
• 学校法人東京農業大学本部規程
• 東京農業大学組織及び職制
• 東京情報大学組織及び職制
• 東京農業大学短期大学部組織及び職制
• 東京農業大学成人学校組織及び職制
• 東京農業大学第一，第二，第三高等学校，第一高等学校中等部組織及び職制