本学は、平成2年4月から東京農業大学短期大学部に名称を変更し、東京農業大学学長が本学の学長を兼務することに変更した。

　本学の教学に関する重要事項は学長が教授会に諮り、理事長に報告することになっているが、寄附行為の改正に伴う案件については事前に学長が理事長と調整している。また、基本金組入額の事項については予め予算編成前に学長が理事長と調整している。理事長は学長提案が理事会でスムーズに承認できるよう調整している。教授会に諮る前に学長との意見調整をするので、問題が起きないようになっている。